У 2001 році «Сталь» стала учасником чемпіонату України у другій лізі. Підсумок першого сезону – 12-е місце в групі «В». Наступного сезону досягнення «Сталі» були вагоміші – п’яте місце в турнірній таблиці, причому довгий час команда йшла в трійці. А тріумфальним для дніпродзержинців став сезон 2003/2004, коли у захоплюючій боротьбі з чернігівською «Десною» «Сталь» завоювала путівку до першої ліги. Сезон 2005/2006 «Сталь» завершила на восьмому місці, продовживши добру традицію – кожен рік підійматися сходинками таблиці.
Наступного сезону команда вийшла до 1/4 фіналу Кубка України. У середині сезону в команду прийшов новий тренер – Сергій Дірявка. У результаті команда посіла дев’яте місце в чемпіонаті першої ліги.
Чемпіонат 2007/2008 років для команди склався невдало. Уже за 4 тури до кінця турніру команда вилетіла з першої ліги. Минулого сезону після 6-ти річної перерви повернулися до першої ліги.