Футбольний клуб «Геліос» було засновано 1 грудня 2002 року. В квітні 2003 року футболісти «Геліоса» взяли участь у першості України серед команд другої ліги. Ще за три тури до завершення сезону 2004/2005 р.р., «Геліос» достроково забезпечив собі перемогу в групі «В», а з нею – путівку до першої ліги.
Найбільш вдалим для футболістів з Харкова у першій лізі став сезон 2006/2007 р.р., коли «сонячні» під керівництвом Олександра Севідова посіли 7 місце в турнірній таблиці, що є кращим показником команди за всі роки.